Inaugurado em 1912, o Mercado Modelo surgiu pela necessidade de um centro de abastecimento na Cidade Baixa de Salvador. Entre a Alfândega e o largo da Conceição, constituía-se em um centro comercial onde era possível adquirir itens tão variados como hortifrutigranjeiros, cereais, animais, charutos, cachaças e artigos para o Candomblé.
Era servido pela rampa que leva o seu nome, antigo porto dos saveiros que atravessavam a baía de Todos os Santos.
Em 1969 foi vítima do mais violento incêndio de sua história, a tal ponto que se tornou necessária a demolição do antigo imóvel. A partir de 2 de Fevereiro de 1971, passou a ocupar o edifício da 3º Alfândega de Salvador, uma construção de 1861 em estilo neoclássico, tombada pelo Instituto do Patrimônio Histórico e Artístico Nacional (IPHAN). No local, onde funcionava o primitivo Mercado, foi erguida uma escultura de Mário Cravo Junior.
Um novo incêndio que lhe destruiu as instalações levou a uma extensa reforma do edifício, em 1984, permitindo a sua reinauguração.
O Mercado Municipal de Salvador viveu pelo menos cinco grandes incêndios ao longo de sua história, a saber:
- 1917 – existem poucas informações a seu respeito, acreditando-se que não tenha sido de proporções catastróficas.
- 1922 – iniciou-se na madrugada de 7 de janeiro, tendo reduzido o Mercado às cavernas (subterrâneos), causando mais de mil contos de réis de prejuízos.[2] À época, registraram-se boatos de que as causas foram propositais. Reformado, tendo a sua pintura original – amarela e vermelha – sido substituída por verde, ganhou o apelido de Tartaruga Verde.
- 1943 – registrou-se em 28 de fevereiro (um domingo), com a destruição parcial das suas instalações. Não foram identificadas as causas do incêndio, tendo o edifício sido recuperado.
- 1969 – teve lugar a 1 de agosto, sendo considerado o mais grave de sua história, a ponto de inviabilizar a reconstrução do primitivo imóvel, cujos escombros necessitaram ser demolidos visando a segurança pública.
- 1984 – em 10 de Janeiro, conduziu a uma extensa reforma, permitindo a sua reinauguração no mesmo ano.
Em 2016, foi noticiado que o mercado passa por dificuldade financeira. Administrado pela associação dos permissionários, ela não tem como exercer o poder de polícia administrativa para combater a inadimplência. Por isso, será administrado pela Prefeitura de Salvador, por meio da Scretaria de Ordem Pública (Semop), cujo processo transitório está sendo mediado pelo Ministério Público.